Les objectifs de la composante « microorganismes » seront d’une part d’effectuer une première description de la diversité des microbiomes (bactéries, archées et virus) et d’acquérir une meilleure connaissance des risques microbiologiques pour l’Homme liés à la présence de pathogènes sur et dans les animaux marins et les macro-déchets.
La bancarisation des ADN extraits permettra de pouvoir revenir sur des échantillons pour des analyses différentes ou techniquement plus innovantes.
D’autre part, l’objectif sera d’aider à mettre en œuvre une surveillance efficace, pragmatique et adaptée des espèces de micro-algues toxiques potentiellement toxiques. Les techniques d’échantillonnage actuellement utilisées dans le réseau de suivi du phytoplancton en France seront transférées et adaptées en tenant compte des spécificités géographiques et des contraintes des partenaires.
De même l’utilisation de nouvelles techniques comme les échantillonneurs passifs (SPATT pour Solid Phase Adsorption Toxin Tracking) permettront de mettre en évidence les toxines actuelles mais aussi émergentes.
Ces travaux impliqueront les collègues et étudiant.e.s malgaches à travers des encadrements et des formations à l’IH.SM et dans l’UMR MARBEC (sites de Montpellier et Sète). Chaque année une chercheur.se et/ou un.e étudiant.e sera accueilli.e pour être formé.e aux techniques de prélèvements, d’observation, de traitement des échantillons. Au cours du LMI, des moyens financiers supplémentaires seront recherchés afin de mettre en place à Madagascar une structure capable dd’analyser les biotoxines provenant des micro-algues.
En parallèle, cette collaboration permettra à l’UMR MARBEC d’exercer une veille sur ces espèces tropicales qui potentiellement pourraient impacter les départements français de l’océan Indien (La Réunion et Mayotte) mais aussi contaminer les écosystèmes méditerranéens dans le cadre du changement global et de la tropicalisation de la Méditerranée.
